Scarse e sporadiche sono le notizie fino all'età moderna, tempo in cui il Nola Molisi nel descrivere le vicende dei centri dell'entroterra crotonese dedica una frase a Rocca Bernarda. Sebbene la tradizione vuole che secondo Plinio, Roccabernarda sia stata conquistata nel secolo XII da Bernardo del Carpio, discendente di Carlo il Calvo, dal quale prese il nome di "Bernalda", Roccabernarda era conosciuta fin da tempi remoti (Greco Romani) come "Targe" o "Targine". 
Infatti recenti studi fatti da un gruppo archeologico della provincia di Crotone, hanno dimostrato che la sua nascita possa essere avvenuta addirittura in epoca romana con il ritrovamento in località "San Pietro", sulla sponda sinistra del Tacina, dei resti di una villa rustica romana di periodo tardo antico alla quale si uniscono i ritrovamenti fatti agli inizi del secolo nella località "Niffi" di un’antefissa in terracotta dove vi è rappresentata di profilo la testa di un giovane con capelli riccioluti resi a ciocche e incoronato di edera nella quale si è voluto identificare l’immagine del dio greco del vino Dioniso. 
Tutto ciò ci porta quindi a pensare che nel territorio di Roccabernarda avvenisse fin da tempi antichi la coltivazione della vite e la conseguente produzione del vino.
Fu chiamata poi in epoca medioevale con il termine di "Vernauda", così detta dall'aria primaverile dal Gabriele Bario, ma interpretazione diversa diede il noto umanista calabrese Settorio Quattromani, vissuto nella seconda metà del 1500. Egli affermava che Vernauda era chiamata non per l'aria primaverile ma per il ladrone Bernaudo, che avendo costruito un'osteria, depredava i viandanti che si trovavano a passare da là. 
Questa spiegazione non viene però accreditata da Giovanni Fiore nella sua opera "Della Calabria Illustrata", pubblicata nel Seicento. La sua denominazione fu cambiata infine da Tommaso Aceti in Rocca di Pagani e poi Rocca di Tacina dopo la costruzione del castello, di cui rimane qualche rudere.
Ben presto divenne Roccabernarda in onore di un suo signore, Bernardo del Carpio. Dal 1292 fu feudo dei Ruffo e quindi di Antonio Centelles, che la trasformò in una specie di fortezza. Inglobata nel Regio Demanio da Ferdinando d'Aragona nel 1480, fu affidata dopo pochi anni ai Carafa, dai quali passò ancora ai Ruffo, nel 1482, e poi ai Filomarino, passando dai Galluccio (1683), che governarono fino all’eversione della feudalità, nel 1806.
Con l’ordinamento amministrativo disposto nel 1799 dai Francesi del generale Championnet, Roccabernarda fu inserita nel cantone di Crotone; divenne Luogo nel governo di Policastro in seguito alla legge del 19 gennaio 1807, ed infine elevata a Comune nel circondario di Santa Severina con decreto del 4 maggio 1811.

Altre teorie legano le sue origini alla ribellione di Abelardo, figlio di Onofrio uno dei fratelli di Roberto il Guiscardo. Abelardo tra il 1070 e 1076, si rifugiò nella rocca di Santa Severina, ma qui fu assediato prima dalle truppe di Ruggero e poi si  unirono anche quelle del fratello Roberto il Guiscardo. In questa occasione furono costruiti nelle vicinanze tre castelli i quali vennero affidati da Roberto il Guiscardo a Hugo Falloc, a Rainaldus De Simula ed il terzo a Herbertus Falloc (fratello di Hugo) e Custinobardo (fratello di Rainaldus De Simula). I tre castelli sarebbero quelli di Roccabernarda, di Rocca di Neto e Belvedere Spinello.

Del convento dei Minimi di San Francesco esistono i ruderi. Al presente le condizioni di staticità sono precarie.
Si sa poco circa l'anno di fondazione: una leggenda locale attribuisce la costruzione del convento ad un miracolo del Santo. Si pensa inoltre che il terremoto del 1832, lo abbia danneggiato in modo anche grave. A proposito di questo terremoto, V. Colosimo in uno scritto del 1842 intitolato "Geognosia delle Calabrie", così scriveva: "Saline esistono su una collina al lato del fiume Tàrgina.
Nelle stesse montagne fu rinvenuto il carbon fossile "geantrace", scoperto in Roccabernarda per uno smottamento del terremoto del 1832, di cui avemmo sott'occhi alcuni bellissimi pezzi e ne presentammo degli altri all'egregio naturalista D. Oronzio Costa, durante il passaggio che fece per questa città.
Il convento è un'opera che dovrebbe essere salvaguardata e dovrebbe rivestire grande importanza per il paese ed i cittadini desiderosi che l'opera venga adeguatamente consolidata e conservata.